PrimaryメニューとSecondaryメニューを追加する場合
function.phpに以下を追加
add_theme_support('nav-menus');
if ( function_exists('register_nav_menu') ){
register_nav_menu('primary','Primary'); //一つ目のメニュー
register_nav_menu('secondary','Secondary'); //2つ目のメニュー
}
すると、
WP管理画面→外観→メニューの下部がこんな感じになります。

あとは表示させたい場所に、
<nav id="access" role="navigation">
<?php wp_nav_menu( array(
'container' => false,
'menu_class' => 'navi-link',
'menu_id' => 'primary-menu',
'theme_location' => 'primary'
) ); ?>
</nav>
という感じで放り込むだけです。
いや、こっちのほうがシンプルでよいですね
function.php
//メインメニュー
register_nav_menus(array('main_menu' => 'メインメニュー'));
//サブメニュー
register_nav_menus(array('sub_menu' => 'サブメニュー'));
表示させたいテンプレファイルにはこっち
<?php wp_nav_menu(array('theme_location' => 'main_menu')); ?>
<?php wp_nav_menu(array('theme_location' => 'sub_menu')); ?>